Bereits im 15. Jahrhundert stand an der Stelle der heutigen Kirche eine kleine Wallfahrtskapelle. Man nimmt an, dass diese Kapelle bereits eine Figur des leidenden Erlösers barg, die eine Heiligblut-Wallfahrt auslöste. 1508 wurde schließlich die spätgotische Kirche gebaut. Im 18. Jahrhundert sollte die Kirche aufgrund von Pilgermangel abgerissen werden. Ein blinder Drechslergeselle namens Georg Obermayer erbat sich jedoch für ein wundervolles, selbstgebautes Spinnrad den Erhalt der Heilig Blut Kirche. König Maximilian erfüllte dem blinden Drechsler seinen Wunsch, so dass die Wallfahrtskirche bis heute bestehen konnte. 1957 wurde die Kuratie Heilig Blut zur Pfarrei erhoben. In den 1990er Jahren wurde die Pfarr- und Wallfahrtskirche von innen und außen restauriert. Im Juni 2011 deckte ein Gewittersturm Teile des Daches ab. Es kam zu Schäden an der Stuckdecke. Nach sechsmonatiger Restauration ist die Kirche nun wieder geöffnet.